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Prokka是一个原核基因注释工具,可以快速注释细菌、古菌和病毒基因组,并能够生成GenBank、gff等标准格式的输出文件,能够找到并注释基因组上存在的特征(包括蛋白编码区域和RNA基因,如tRNA和rRNA)。
Stamp差异分析适用于多种类型的组间差异分析,比如微生态研究中的物种分布及丰度差异、转录组研究中的基因表达差异、宏组学研究中的功能差异等等。
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“想切哪里切哪里”它就是这么好用!
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简单易学的混池测序——DeepBSA:动植物复杂性状定位新方法
DNAMAN系列专题:序列分析比对及拼接
有手就会的DNAMAN教程第一期来啦!
超好用的在线注释网站——Rast(二)
超好用的在线注释网站——Rast(一)
TBtools系列课程——SeqLogo绘制方法
AI软件实操教程(三):科研论文流程图绘制
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TCDB转运蛋白数据库在线注释
ARDB是最先整合了各种微生物中抗药基因的数据库
毒力因子数据库VFanalyzer在线注释实操
BacMet:抗菌杀生物剂和金属抗性基因在线注释
anitSMASH:微生物次级代谢产物基因簇预测与注释
蛋白结构域如何分析?试试Pfam在线注释
CAZymes在线注释——给你的基因一个功能分类
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物种单个基因序列上传NCBI
Filezilla软件FTP数据传输教程
物种基因组组装数据上传GWH公共数据库
组学原始测序数据上传GSA公共数据库
数据库的那些事儿
菌种鉴定序列上传NCBI,so easy!
手把手带你搞定微生物基因组上传NCBI!
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教学干货-FUNGuild对真菌功能预测!
CGView更新啦!给你一个定制化的基因组图谱
带你轻松搞定宏组学iPATH交互式Pathway分析
进化树终结版——iTOL的美化法则
SnapGene带你自定义绘制小基因组图谱
CGView——给你一个定制化的基因组图谱!
WebLogo--高颜值Seqlogo图,我也会做!
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聊科研

聊科研

Talk about scientific research

单细胞转录组实操系列课程(七):基因集富集分析
单细胞转录组实操系列课程(六):组间差异分析及可视化
单细胞转录组实操系列课程(五):细胞类型注释
单细胞转录组实操系列课程(四):多样本整合分析
单细胞转录组实操系列课程(三):单样本分析
单细胞转录组实操系列课程(二):各种输入文件的读取方式
微生物组多样性研究之三代16s rDNA全长扩增子
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云讲堂

云讲堂

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LorMe云讲堂精彩回放

第11讲  王光华
1966年生,中科院东北地理与农业生态所研究员,农田分子生态学科组组长,博士生导师,中国科学院“百人计划”入选者。主要从事黑土农田土壤微生物生态、环境细菌病毒多样性及土传病害生物防治等方面的研究工作。研究成果获得黑龙江省自然科学二等奖2项,发表学术论文200多篇,其中SCI论文近百篇,4篇论文为ESI高被引论文,SCI论文引用1500余次。担任中国科学院黑土区农业生态重点实验室副主任、黑龙江省微生物学会和植物病理学会副理事长、中国土壤学会土壤生物与生物化学专委会委员、中国微生物学会噬菌体组专委会委员,担任《植物营养与肥料学报》、《生态学杂志》、《作物与土壤》和《生物技术通报》等期刊编委。
第10讲  陈林兴
美国加州大学伯克利分校博士后,主要从事基于宏基因组学的微生物及其噬菌体的多样性和功能研究,包括进来受到广泛关注的大噬菌体研究。近5年来,以第一作者(或共同第一作者)身份在Nature Microbiology,Genome Research,ISME Journal,Current Opinion in Biotechnology,mSystems 等杂志发表论文10余篇,并在Nature 和 Nature Microbiology 等杂志上参与发表论文10余篇,引用1200+次(H-index = 14)。担任 Frontiers in Microbiology 审稿编辑,并为 ISME Journal 等多个杂志审稿。
第9讲  张全国
博士,教授。2001年在北京师范大学获生物学理学学士学位,2005年在北京师范大学获生态学理学博士学位,2008年在牛津大学获生态学哲学博士学位。2009年至今在北京师范大学工作。2012年获得自然科学基金优秀青年项目,2013年入选“万人计划”青年拔尖人才支持计划,2017年获国家杰出青年科学基金。迄今在Ecology Letters, Evolution等刊物发表论文近20篇。任《Biology Letters》、《Journal of Plant Ecology》、《生物多样性》编委。主要研究方向为实验进化生态学。
第8讲  韦中
南京农业大学资源与环境科学学院教授、博士生导师。2015年入选中国科协首批托举人才工程计划,2019年获得国家自然科学基金委优秀青年项目资助。长期从事微生态与根际健康研究,开展根际微生态与土传病原青枯菌入侵相关工作。发现根际菌群的结构和功能特征决定着作物土传青枯病的发生,并建立了根际菌群调控的技术途径;揭示了菌群间形成相互竞争的制衡关系有利于抵御病原青枯菌入侵,阐明了微生物铁载体介导的根际细菌与病原青枯菌互作对作物健康的影响机制,并建立了高效预测抑病能力的菌群竞争互作网络模型,为根际菌群调控指明了方向和技术途径;创建了“引入竞争”和“精准靶向”的根际菌群生态调控策略,为田间根际菌群调控和防控土传病害提供了科学依据和技术途径。以第一或通讯作者在Nature Communications(2015)、mBio(2016)、Trends in Plant Scien
第7讲  马迎飞
研究员,博士生导师,合成微生物组学研究中心副主任。2009年获得中国科学院北京微生物研究所博士学位,先后在美国加州大学圣迭戈分校和纽约大学医学院从事人微生物组计划(Human Microbiome Project, HMP) 相关项目的研究。2015年加入中科院深圳先进技术研究院。课题组主要研究方向为:微生物组、噬菌体组、噬菌体合成生物学以及噬菌体防治耐药菌的应用研究。目前实验室承担国家各级研究项目包括:国自然面上、科技部重大研发专项、深圳市学科布局、技术攻关、孔雀团队等。
第6讲  高程
中科院微生物所博士,加州大学伯克利分校博士后。。。
第5讲  邓晔
中国科学院生态环境研究中心研究员,中国科学院大学岗位教授,博导。。。
第4讲  马斌
研究员,土壤学博士,浙江大学“百人计划”特聘研究员,博士生导师,浙江大学水土资源与环境研究所副所长。。。
第3讲  牛犇
现任职于东北林业大学生命科学学院/林木遗传育种国家重点实验室,教授,博士研究生导师,东北林业大学杰出青年学者引进人才
第2讲  焦硕
西北农林科技大学教授,博士生导师,获选全国博士后创新人才支持计划。
第1讲  邹建文
20年科研经历,长期从事土壤温室气体与全球变化研究,重点关注农业应对气候变化与农业固氮减排工作,学术成果丰富,在土壤碳氮与温室气体二氧化碳(CO2)、甲烷(CH4)和氧化亚氮(N2O)排放过程与机制、农田温室气体排放通量同步原位观测方法学与应用、农田温室气体排放总量的模型估算及减排对策等方面取得了重要创新成果。
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LorMe云讲堂精彩预告:

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LorMe云讲堂往期精彩回放合集

凌波微课|LorMe云讲堂第五季精彩回放‍   第五季讲师:褚海燕、李香真、黎绍鹏、杨军、王建军、时玉

凌波微课|LorMe云讲堂第四季精彩回放‍   第四季讲师:吴纪华、李琪、刘满强、陈迪马、赵杰、蒋瑀霁

凌波微课|LorMe云讲堂第三季内容回放        第三季讲师:蔡祖聪、白洋、张瑞福、陈桃、王二涛、孙波

凌波微课|LorMe云讲堂第二季精彩回放     第二季讲师:马迎飞,韦中,张全国,陈林兴,王光华,何俭

凌波微课|LorMe云讲堂第一季精彩回放     第一季讲师:邹建文,焦硕,牛犇,马斌,邓晔,高程

LorMe云讲堂国际版精彩回放

LorMe·国际讲堂第17期
Søren Sørensen
LorMe·国际讲堂第16期
Djordje Bajić
LorMe·国际讲堂第15期
Rolf Kümmerli
LorMe·国际讲堂第14期
Rolf Kümmerli
LorMe·国际讲堂第13期
Francisco Dini-Andreote
LorMe·国际讲堂第12期
Ines Mandić Mulec
LorMe·国际讲堂第11期
Omri Finkel
LorMe·国际讲堂第10期
Ville-Petri Friman
LorMe·国际讲堂第9期
Klaus Schläppi教授
LorMe·国际讲堂第8期
Ashley Shade
LorMe·国际云讲堂第7期
Paolina
LorMe国际云讲堂第6期
Philippe Vandenkoornhuyse教授
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LorMe云讲堂国际版精彩预告

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肠道论坛精彩回放

钟山肠道讲坛第13期-周晓辉
华盛顿州立大学微生学博士,现任南方科技大学长聘教授,教育部长江讲席教授。曾担任美国康涅狄格大学病原生物学系终身教授。
钟山肠道讲坛第12期-王炜
复旦大学生命科学学院、复旦微生物组中心青年研究员、课题组长。
钟山肠道讲坛第11期-王军军
中国农业大学动物科技学院教授、副院长,北京畜牧兽医学会副理事长、动物营养学分会猪营养专委会主任、中国实验动物学会无菌动物专委会副主任,为国家杰出青年科学基金获得者、国家重点研发计划项目负责人、国家生猪产业技术体系岗位科学家,担任Animal Nutrition副主编、Animal Models and Experimental Medicine执行主编、 Journal of Animal Science and Biotechnology编委。
钟山肠道讲坛第10期-李志鹏
吉林农业大学动物科学技术学院(动物医学院)副院长,教授,博士生导师,国家优秀青年科学基金获得者。
钟山肠道讲坛第9期-刘永鑫
中国农科院基因组所研究员,iMeta期刊执行主编,宏基因组公众号创始人
钟山肠道讲坛第8期-王倬
中国科学院过程工程研究所化学生物工程前沿交叉研究部副主任
钟山肠道讲坛第7期-王修启
博士,华南农业大学教授
钟山肠道讲坛第6期-付云贺
吉林大学动物医学学院教授,博导。吉林大学唐敖庆领军教授,国家自然科学基金优秀青年基金获得者,国家自然科学基金二审专家。
钟山肠道讲坛第5期-陈连民
博士,南京医科大学/江苏省人民医院教授,博导,国家高层次青年人才,江苏特聘医学专家。
钟山肠道讲坛第4期-陈卫华
华中科技大学教授、博士生导师。
钟山肠道讲坛第3期-邱强
西北工业大学生态环境学院教授,国家杰出青年基金获得者。
钟山肠道讲坛第2期-梁冠翔
清华大学医学院研究员,清华-北大生命科学联合中心研究员,博士生导师,入选国家高层次引进人才项目。
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