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Prokka是一个原核基因注释工具,可以快速注释细菌、古菌和病毒基因组,并能够生成GenBank、gff等标准格式的输出文件,能够找到并注释基因组上存在的特征(包括蛋白编码区域和RNA基因,如tRNA和rRNA)。
Stamp差异分析适用于多种类型的组间差异分析,比如微生态研究中的物种分布及丰度差异、转录组研究中的基因表达差异、宏组学研究中的功能差异等等。
科研绘图配色用的好,数据清晰又明了。凌波微课图片色系提取工具,让大家在中意的图片中获得好看的配色。工具只需上传图片就可以获得图片中的相应色号,不需要繁琐的代码就可以快速完成,简单方便还好用,结果图更炫酷、亮眼
这些表格我全都要!——多表格合并工具
划过显示屏的仙女棒是线性回归方程的线
引物设计不用愁,快速获取有门道~
“想切哪里切哪里”它就是这么好用!
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简单易学的混池测序——DeepBSA:动植物复杂性状定位新方法
DNAMAN系列专题:序列分析比对及拼接
有手就会的DNAMAN教程第一期来啦!
超好用的在线注释网站——Rast(二)
超好用的在线注释网站——Rast(一)
TBtools系列课程——SeqLogo绘制方法
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TCDB转运蛋白数据库在线注释
ARDB是最先整合了各种微生物中抗药基因的数据库
毒力因子数据库VFanalyzer在线注释实操
BacMet:抗菌杀生物剂和金属抗性基因在线注释
anitSMASH:微生物次级代谢产物基因簇预测与注释
蛋白结构域如何分析?试试Pfam在线注释
CAZymes在线注释——给你的基因一个功能分类
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物种基因组组装数据上传GWH公共数据库
组学原始测序数据上传GSA公共数据库
物种单个基因序列上传NCBI
Filezilla软件FTP数据传输教程
数据库的那些事儿
菌种鉴定序列上传NCBI,so easy!
手把手带你搞定微生物基因组上传NCBI!
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教学干货-FUNGuild对真菌功能预测!
CGView更新啦!给你一个定制化的基因组图谱
带你轻松搞定宏组学iPATH交互式Pathway分析
进化树终结版——iTOL的美化法则
SnapGene带你自定义绘制小基因组图谱
CGView——给你一个定制化的基因组图谱!
WebLogo--高颜值Seqlogo图,我也会做!
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聊科研

聊科研

Talk about scientific research

扩增子研究第三讲:微生物群落研究的目的
扩增子研究第二讲:基因测序技术的发展历史及在微生物群落研究中的应用情况
什么是分子钟以及我们利用分子钟能做什么?
微生态群落中单个物种的绝对定量?
藻类与陆生植物起源
如何回复审稿意见
如何消除数据的批次效应?选对工具很重要
生物学重复,你有必要知道的那些事儿!
云讲堂

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LorMe云讲堂精彩回放

第94讲  李勇
浙江大学环境与资源学院副教授,博士生导师。2012年获日本名古屋大学农学博士学位
第93讲  于峰
湖南大学生物学院教授、博士生导师。2013年在湖南师范大学获得博士学位。
第92讲  Waseem Raza博士
南京农业大学资源与环境科学学院副教授,硕士生导师。
第92讲  Waseem Raza博士
南京农业大学资源与环境科学学院副教授,硕士生导师。
第91讲  郭雪
中国科学院生态环境研究中心研究员,博士生导师。
第90讲  艾超
研究员,博士生导师。中国农业科学院农业资源与农业区划研究所植物营养研究室主任,国家优秀青年科学基金获得者。农业农村部植物营养与肥料重点实验室副主任,中国植物营养与肥料学会养分循环专业委员会主任。入选国家神农青年英才、农业科研杰出人才、中国农科院创新型领军人才。
第89讲  马海鲲(回放敬请期待!)
南开大学生命科学学院微生物系,讲师
第89讲  马海鲲(回放敬请期待!)
南开大学生命科学学院微生物系,讲师
第88讲  王萌
中国科学院南京土壤研究所副研究员、硕士生导师,中国科协青年人才托举工程、江苏省优青、中国科学院青年创新促进会会员等人才计划获得者。
第87讲  左元梅
中国农业大学资源环境学院教授,博士生导师
第86讲  邓晔
中国科学院生态环境研究中心研究员,中国科学院大学岗位教授,博导。任中国科学院环境生物技术重点实验室副主任,中国生态学学会微生物生态专业委员会秘书长,《The ISME Journal》资深主编,《Microbiome》等五本SCI期刊副主编。2018-2023年连续六年获科睿唯安(Clarivate)全球高被引科学家,入选斯坦福大学全球2%高影响力学者和爱思唯尔(Elsevier)中国高被引学者。
第85讲  周新刚
东北农业大学园艺园林学院,研究员,博导。
第84讲  孙明明
南京农业大学资源与环境科学学院,教授,博导,国家高层次青年人才。
第83讲  刘婷
南京农业大学土壤学博士、生态学博士后,加拿大McGill University联合培养博士。现为南京农业大学资源与环境科学学院副教授。
第82讲  王淼啸
瑞士苏黎世联邦理工学院(ETH Zürich)博士后研究员,工作于Martin Ackermann教授和Olga Schubert研究员所领导的课题组。
第81讲  贾鹏
武汉大学资源与环境科学学院教授,公共卫生学院、人民医院、测绘遥感信息工程国家重点实验
室兼职教授,空间全生命周期健康国际研究中心主任,国家级海外高层次引进人才,湖北省“百人计划”专家,“武汉英才”产业领军人才。
第80讲  陈银
分别于2002及2005年获得清华大学学士和硕士学位,2008年获得华威大学博士学位。随后在华威大学从事博士后研究工作,2020年晋升为华威大学教授。
第79讲  程旭
博士毕业于荷兰瓦赫宁根大学,现为中国农业科学院农业基因组研究所研究员,博士生导师,获深圳市海外高层次人才。
第78讲  孙新
孙新,中国科学院城市环境研究所研究员,德国洪堡学者,中科院百人计划,博士生导师。
第77讲  袁军
南京农业大学副教授,院士助理,钟山学术新秀。
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LorMe云讲堂国际版精彩回放

LorMe·国际讲堂第17期
Søren Sørensen
LorMe·国际讲堂第16期
Djordje Bajić
LorMe·国际讲堂第15期
Rolf Kümmerli
LorMe·国际讲堂第14期
Rolf Kümmerli
LorMe·国际讲堂第13期
Francisco Dini-Andreote
LorMe·国际讲堂第12期
Ines Mandić Mulec
LorMe·国际讲堂第11期
Omri Finkel
LorMe·国际讲堂第10期
Ville-Petri Friman
LorMe·国际讲堂第9期
Klaus Schläppi教授
LorMe·国际讲堂第8期
Ashley Shade
LorMe·国际云讲堂第7期
Paolina
LorMe国际云讲堂第6期
Philippe Vandenkoornhuyse教授
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LorMe云讲堂国际版精彩预告

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肠道论坛精彩回放

钟山肠道讲坛第13期-周晓辉
华盛顿州立大学微生学博士,现任南方科技大学长聘教授,教育部长江讲席教授。曾担任美国康涅狄格大学病原生物学系终身教授。
钟山肠道讲坛第12期-王炜
复旦大学生命科学学院、复旦微生物组中心青年研究员、课题组长。
钟山肠道讲坛第11期-王军军
中国农业大学动物科技学院教授、副院长,北京畜牧兽医学会副理事长、动物营养学分会猪营养专委会主任、中国实验动物学会无菌动物专委会副主任,为国家杰出青年科学基金获得者、国家重点研发计划项目负责人、国家生猪产业技术体系岗位科学家,担任Animal Nutrition副主编、Animal Models and Experimental Medicine执行主编、 Journal of Animal Science and Biotechnology编委。
钟山肠道讲坛第10期-李志鹏
吉林农业大学动物科学技术学院(动物医学院)副院长,教授,博士生导师,国家优秀青年科学基金获得者。
钟山肠道讲坛第9期-刘永鑫
中国农科院基因组所研究员,iMeta期刊执行主编,宏基因组公众号创始人
钟山肠道讲坛第8期-王倬
中国科学院过程工程研究所化学生物工程前沿交叉研究部副主任
钟山肠道讲坛第7期-王修启
博士,华南农业大学教授
钟山肠道讲坛第6期-付云贺
吉林大学动物医学学院教授,博导。吉林大学唐敖庆领军教授,国家自然科学基金优秀青年基金获得者,国家自然科学基金二审专家。
钟山肠道讲坛第5期-陈连民
博士,南京医科大学/江苏省人民医院教授,博导,国家高层次青年人才,江苏特聘医学专家。
钟山肠道讲坛第4期-陈卫华
华中科技大学教授、博士生导师。
钟山肠道讲坛第3期-邱强
西北工业大学生态环境学院教授,国家杰出青年基金获得者。
钟山肠道讲坛第2期-梁冠翔
清华大学医学院研究员,清华-北大生命科学联合中心研究员,博士生导师,入选国家高层次引进人才项目。
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