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Prokka是一个原核基因注释工具,可以快速注释细菌、古菌和病毒基因组,并能够生成GenBank、gff等标准格式的输出文件,能够找到并注释基因组上存在的特征(包括蛋白编码区域和RNA基因,如tRNA和rRNA)。
Stamp差异分析适用于多种类型的组间差异分析,比如微生态研究中的物种分布及丰度差异、转录组研究中的基因表达差异、宏组学研究中的功能差异等等。
科研绘图配色用的好,数据清晰又明了。凌波微课图片色系提取工具,让大家在中意的图片中获得好看的配色。工具只需上传图片就可以获得图片中的相应色号,不需要繁琐的代码就可以快速完成,简单方便还好用,结果图更炫酷、亮眼
这些表格我全都要!——多表格合并工具
划过显示屏的仙女棒是线性回归方程的线
引物设计不用愁,快速获取有门道~
“想切哪里切哪里”它就是这么好用!
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Blast的升级版?没错,就是本地blast+
还不会序列比对?试试本地BLAST吧
如何消除数据的批次效应?选对工具很重要
一节课让你学会MEGA构建系统发育进化树并美化(二)
一节课让你学会MEGA构建系统发育进化树并美化(一)
进化树构建之多重序列比对利器——mafft软件
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TCDB转运蛋白数据库在线注释
ARDB是最先整合了各种微生物中抗药基因的数据库
毒力因子数据库VFanalyzer在线注释实操
BacMet:抗菌杀生物剂和金属抗性基因在线注释
anitSMASH:微生物次级代谢产物基因簇预测与注释
蛋白结构域如何分析?试试Pfam在线注释
CAZymes在线注释——给你的基因一个功能分类
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物种基因组组装数据上传GWH公共数据库
组学原始测序数据上传GSA公共数据库
物种单个基因序列上传NCBI
Filezilla软件FTP数据传输教程
数据库的那些事儿
菌种鉴定序列上传NCBI,so easy!
手把手带你搞定微生物基因组上传NCBI!
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教学干货-FUNGuild对真菌功能预测!
CGView更新啦!给你一个定制化的基因组图谱
带你轻松搞定宏组学iPATH交互式Pathway分析
进化树终结版——iTOL的美化法则
SnapGene带你自定义绘制小基因组图谱
CGView——给你一个定制化的基因组图谱!
WebLogo--高颜值Seqlogo图,我也会做!
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聊科研

聊科研

Talk about scientific research

转录组看的眼花缭乱?一文带你理清转录组项目!
国家基因组科学数据中心(NGDC)——中国人自己的数据库
单细胞转录组实操系列课程(七):基因集富集分析
单细胞转录组实操系列课程(六):组间差异分析及可视化
单细胞转录组实操系列课程(五):细胞类型注释
单细胞转录组实操系列课程(四):多样本整合分析
单细胞转录组实操系列课程(三):单样本分析
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云讲堂

云讲堂

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LorMe云讲堂精彩回放

第100讲 朱彪
北京大学城市与环境学院长聘副教授(研究员)
第99讲 马斌
浙江大学百人计划研究员(长聘副教授),中组部青年千人,土水资源与环境研究所副所长,浙江省农业资源与环境重点实验室副主任。
第98讲 陈林兴
现任中国科学技术大学环境科学与工程系特任研究员,国家级海外人才引进计划(青年项目)入选者,中国科学院人才计划获得者。
第97讲 周之超
深圳大学“百人计划”副教授、博士生导师,研究方向为深海热液微生物组及病毒组研究。
第96讲  舒龙飞
湖北黄冈人,中山大学逸仙学者,副教授,博士生导师,广东省杰出青年基金、美国生命科学基金获得者。
第95讲  王孝林
华南农业大学首聘教授、博士生导师。2018年在中国农业大学获得博士学位,2018-2023年在中科院分子植物科学卓越创新中心王二涛课题组从事博士后研究。
第94讲  李勇
浙江大学环境与资源学院副教授,博士生导师。2012年获日本名古屋大学农学博士学位
第93讲  于峰
湖南大学生物学院教授、博士生导师。2013年在湖南师范大学获得博士学位。
第92讲  Waseem Raza博士
南京农业大学资源与环境科学学院副教授,硕士生导师。
第92讲  Waseem Raza博士
南京农业大学资源与环境科学学院副教授,硕士生导师。
第91讲  郭雪
中国科学院生态环境研究中心研究员,博士生导师。
第90讲  艾超
研究员,博士生导师。中国农业科学院农业资源与农业区划研究所植物营养研究室主任,国家优秀青年科学基金获得者。农业农村部植物营养与肥料重点实验室副主任,中国植物营养与肥料学会养分循环专业委员会主任。入选国家神农青年英才、农业科研杰出人才、中国农科院创新型领军人才。
第89讲  马海鲲(回放敬请期待!)
南开大学生命科学学院微生物系,讲师
第89讲  马海鲲(回放敬请期待!)
南开大学生命科学学院微生物系,讲师
第88讲  王萌
中国科学院南京土壤研究所副研究员、硕士生导师,中国科协青年人才托举工程、江苏省优青、中国科学院青年创新促进会会员等人才计划获得者。
第87讲  左元梅
中国农业大学资源环境学院教授,博士生导师
第86讲  邓晔
中国科学院生态环境研究中心研究员,中国科学院大学岗位教授,博导。任中国科学院环境生物技术重点实验室副主任,中国生态学学会微生物生态专业委员会秘书长,《The ISME Journal》资深主编,《Microbiome》等五本SCI期刊副主编。2018-2023年连续六年获科睿唯安(Clarivate)全球高被引科学家,入选斯坦福大学全球2%高影响力学者和爱思唯尔(Elsevier)中国高被引学者。
第85讲  周新刚
东北农业大学园艺园林学院,研究员,博导。
第84讲  孙明明
南京农业大学资源与环境科学学院,教授,博导,国家高层次青年人才。
第83讲  刘婷
南京农业大学土壤学博士、生态学博士后,加拿大McGill University联合培养博士。现为南京农业大学资源与环境科学学院副教授。
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LorMe云讲堂国际版精彩回放

LorMe云讲堂国际版第十九讲
Matthias C. Rillig教授
LorMe云讲堂国际版第十八讲
Joana Falcão Salles教授
LorMe·国际讲堂第17期
Søren Sørensen
LorMe·国际讲堂第16期
Djordje Bajić
LorMe·国际讲堂第15期
Rolf Kümmerli
LorMe·国际讲堂第14期
Rolf Kümmerli
LorMe·国际讲堂第13期
Francisco Dini-Andreote
LorMe·国际讲堂第12期
Ines Mandić Mulec
LorMe·国际讲堂第11期
Omri Finkel
LorMe·国际讲堂第10期
Ville-Petri Friman
LorMe·国际讲堂第9期
Klaus Schläppi教授
LorMe·国际讲堂第8期
Ashley Shade
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肠道论坛精彩回放

肠道论坛第18讲
浙江大学“百人计划”研究员,博士生导师,动物科技系副系主任-孙会增老师
肠道论坛第17讲
特邀加拿大不列颠哥伦比亚大学、土壤与食品系统学院教授,国际知名微生物学与功能基因组学专家Leluo Guan教授
钟山肠道进坛第16讲
加拿大不列颠哥伦比亚大学、土壤与食品系统学院教授,国际知名微生物学与功能基因组学专家Leluo Guan
钟山肠道讲坛第15讲-陆晓楠
麦吉尔大学食品科学与农业化学系教授
钟山肠道讲坛第14期-徐健
中国科学院青岛生物能源与过程所研究员、生物能源室主任、单细胞中心主任;山东省能源生物遗传资源重点实验室主任
钟山肠道讲坛第13期-周晓辉
华盛顿州立大学微生学博士,现任南方科技大学长聘教授,教育部长江讲席教授。曾担任美国康涅狄格大学病原生物学系终身教授。
钟山肠道讲坛第12期-王炜
复旦大学生命科学学院、复旦微生物组中心青年研究员、课题组长。
钟山肠道讲坛第11期-王军军
中国农业大学动物科技学院教授、副院长,北京畜牧兽医学会副理事长、动物营养学分会猪营养专委会主任、中国实验动物学会无菌动物专委会副主任,为国家杰出青年科学基金获得者、国家重点研发计划项目负责人、国家生猪产业技术体系岗位科学家,担任Animal Nutrition副主编、Animal Models and Experimental Medicine执行主编、 Journal of Animal Science and Biotechnology编委。
钟山肠道讲坛第10期-李志鹏
吉林农业大学动物科学技术学院(动物医学院)副院长,教授,博士生导师,国家优秀青年科学基金获得者。
钟山肠道讲坛第9期-刘永鑫
中国农科院基因组所研究员,iMeta期刊执行主编,宏基因组公众号创始人
钟山肠道讲坛第8期-王倬
中国科学院过程工程研究所化学生物工程前沿交叉研究部副主任
钟山肠道讲坛第7期-王修启
博士,华南农业大学教授
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